قدمت مسجد جامع اصفهان به سده‌های نخستین دوره اسلامی بازمی‌گردد. بنای اولیه مسجد در طول تاریخ چندین بار دستخوش تغییر شده و بخش‌های مختلف آن در دوره‌های گوناگون توسعه یافته‌اند.

یکی از مهم‌ترین تحولات معماری مسجد در دوره سلجوقیان اتفاق افتاد. در این دوره، ساخت گنبدها و ایوان‌های شاخص مسجد شکل گرفت و الگوی معماری چهارایوانی در آن تثبیت شد. در دوره‌های بعد، به‌ویژه در دوران ایلخانی، تیموری، صفوی و قاجار، قسمت‌های مختلف مسجد تکمیل، مرمت یا تزئین شدند.

همین تغییرات تاریخی سبب شده است که مسجد جامع اصفهان را بتوان نوعی موزه زنده از تحول معماری ایرانی ـ اسلامی دانست.